2002年：增設參不雅學系、運輸與物流辦理學系、電子工程學系及食物科學系，澎湖縣有沒有大學電訊工程科爲電信工程學系，墾丁包車資訊工程科爲資訊工程學系。

2005年：更名爲國立澎湖科技大學，電子工程學系更名電機工程學系、增設辦事業運營辦理鑽研所。澎湖縣有沒有大學

2006年：參不雅學系與休正事業辦理學系歸並爲參不雅休閑學系，海洋活動與辦理學系更名爲海洋活動與遊憩學系，國立澎湖科技大學增設海洋創意鑽研所。

2007年：講授大樓完工啓用；增設參不雅休正事業辦理鑽研所、食物科學鑽研所（2008年度招生）、電資鑽研所（2008年度招生）。