嘉義、高雄兩地別離有船班往來澎湖；海王星號/嘉義（布袋）←→鎖港，航程約90分鍾，此航冬季停航；台華輪/高雄←→馬公，航程約4小時。花蓮民宿包棟馬公與望安、七美之間有固定交通船往來，其余離島則有私家運營的船班。澎湖列島景區衛台灣自由行住宿攻略

2．各航空公司航如下：台北←→馬公有遠東、回複、立榮航空；台中←→馬公有華信、立榮；嘉義←→馬公有回複、立榮、星地圖澎湖島地圖遠東、華信；高雄←→七美有華信、立榮航空；高雄←→望安有立榮；馬公←→七美有立榮及華信航空。